13세기 유럽, 이단으로 오해 받으며 기적을 행한 특별한 세 아이들과 그 아이들을 쫓는 이단심문관의 이야기를 담고있다. 1권은 1242년 파리의 북쪽에 있는 번잡한 여관에서 왕의 명을 받아 파견된 이단심문관이 세 아이들에 관해 묻는 장면에서 시작한다. '아이들의 정체는 과연 무엇일까? 성인? 아니면 이단?' 의심에 찬 이단심문관의 질문에 수녀, 푸줏간 주인, 수도사, 광대 소년, 음유시인, 궁정 대신 등 당시 사회를 대표하는 다양한 신분의 목격자들이 답한다. 세 아이들의 어릴 적 모습, 신비한 능력, 마을을 떠날 수밖에 없었던 이유, 서로를 만나 함께 여행을 하게 된 과정, 엉터리 기사단들과 함께 용을 찾아 나선 사연 등이 더해질수록 이야기는 마치 씨줄과 날줄이 엮이듯 치밀해진다. 예지력 때문에 마녀 취급 받는 소녀 잔느, 초인적인 힘을 가진 흑인 혼혈 소년 윌리엄, 식물로 다친 사람을 치유할 줄 아는 유대인 소년 야곱 등 종교와 성별, 성장 환경이 전혀 다른 세 아이들은 우연히 만나 세속적인 편견과 종교적인 박해에 맞서 귀중한 책을 구해내는 엄청난 임무를 해낸다. 서로의 차이를 극복하고 진한 우정을 쌓는 아이들의 모습에서, 겉으로 보이는 차이란 아주 사소하며 보통 사람들의 생각만큼 그렇게 큰 장벽이 아니라는 사실을 깨닫게 될 것이다.